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충청남도 태안 해역은 2007~8년 근흥면 대섬 해역에서 고려청자운반선(태안선)이 발굴되면서 수중문화재 집중 매장지로 관심이 모아졌다. 가까운 안흥량 해역은 예로부터 난행량(難行梁)이라 불리는 해난사고가 자주 일어난 곳으로, 고려와 조선시대 여러 차례 운하건설이 시도된 곳이었다. 마도 해역은 태안선 발굴조사 지점으로부터 북서쪽으로 4km 정도 떨어져 있다. 2007년 어부들의 신고와 제보를 중심으로 2008년부터 본격적인 수중탐사와 시굴조사가 이뤄졌고 이듬해 마도1호선이 발견되었다. 그 해에 마도1·2·3호선이 한꺼번에 발견되었으며, 마도1호선은 2009년, 마도2호선은 2010년, 마도3호선은 2011년에 각각 발굴되었다. 이후 마도4호선이 2014년에 발견되어 2015년에 조사되었다.

마도3호선은 전라남도 여수현과 주변에서 거둔 곡물, 전복, 홍합 등을 당시 수도인 강화도로 운반하던 곡물운반선이다. 마도3호선의 항로는 화물을 보낸 사람과 받는 사람, 화물의 내용과 수량을 기록한 일종의 화물표인 목간, 죽찰이 확인되었다. 목간을 통해 화물을 받는 사람은 중앙의 귀족 김준(金俊)과 같이 최고위층이었음을 알 수 있다. 마도 3호선은 지금까지 발견된 한선(韓船) 중에서 가장 선체가 잘 남아 있었다. 발굴조사 완료 후 선체는 추후 인양하기 위해 다시 매몰하였다.