기획운영과
기획운영과는 조직운영과 행정업무를 총괄합니다. 연구소의 중장기 발전과 주요사업 계획수립, 책임운영기관 운영‧평가‧성과관리, 조직과 인사‧예산‧계약, 보안과 관인관수, 국회, 교육, 홍보와 홈페이지 운영, 기관 시설관리 운영, 연구‧관람환경‧편의시설 조성과 운영 등을 담당합니다.
수중발굴과
수중발굴과는 수중유산 조사와 연구를 총괄합니다. 수중유산 보존‧관리 종합계획 수립, 지표‧발굴‧탐사, 학술연구, 조사기법 개발, 수중발굴조사 선박 운용관리, 수중발굴 전문인력 양성, 수중유산 보호 관련 국내외 교류협력 등을 담당합니다.
해양유물연구과
해양유물연구과는 해양유산 보존과 관리, 조사연구를 총괄하는 부서입니다. 해양유산 조사연구 종합계획 수립, 해양역사와 유적‧민속‧생활사 조사연구, 고선박과 전통선박 조사연구‧원형복원, 전통 조선과 항해기술 연구, 국내외 학술교류 협력 등을 담당합니다.
전시교육과
전시교육과는 국립해양유산연구소의 <목포해양유물전시관> 전시와 교육 사업을 총괄하는 부서입니다.
해양유산 전시‧교육 종합계획 수립, 어린이해양박물관 운영계획 수립, 전시‧교육 관련 조사연구,
해양유물전시관 전시실 관리와 운영, 특별전과 국제교류전 등 전시 개최, 전시안내서비스, 교육프로그램과 문화행사
개발‧운영, 전시‧교육분야 국내외 교류협력망 구축과 운영 등을 담당합니다.
서해문화유산과
서해문화유산과는 국립해양유산연구소의 <태안해양유물전시관> 전시‧교육 사업과 충청‧경기 해역 수중유산 조사연구‧보존‧관리를 총괄하는 부서입니다. 충청‧경기권을 중점으로 해양유산 전시‧교육 종합계획을 수립 운영하며, 수중유산 발굴‧탐사‧보존처리‧분석연구, 수중발굴 고선박 복원‧활용, 해양유산 조사연구, 소장유물 관리 등을 담당합니다.
유물과학팀
유물과학팀은 수중유산 보존과학과 소장유물 관리를 총괄합니다.
수중유산 보존과학 종합계획 수립, 보존처리·분석연구, 소장유물 관리, 유물 등록 및 출·격납, 보존과학 전문인력 양성, 수중유산 보존과학 분야 국내외 학술교류 · 협력을 담당합니다.