1970~80년대
한국 수중고고학의 시작
1975 신안해저유물 발견 1976~1984 한국 최초의 수중유산 발굴조사 <신안선 수중발굴> 1981.8.25 국립문화재연구소 부설 <목포보존처리장> 개설 1983~1984 고려청자운반선 <완도선 수중발굴>
1990년대
국립해양유물전시관 개관
1990.1.3 목포해양유물보존처리소 개소(대통령령 제12896호) 1991 진도 통나무배 발굴 1994.12.14 국립해양유물전시관 개관(대통령령 제14251호) - 4급 기관, 2과(관리과, 학예연구실)
2000년대
조직과 연구 기능 확대
2006. 11 수중유산 탐사선 <씨뮤즈호> 취항 2002~2009 군산 비안도, 십이동파도, 야미도 수중발굴 2006 신안선 수중발굴 30주년 기념 특별전·국제학술대회 개최 2007~2010 태안 태안선, 마도 1·2호선 수중발굴 2009. 4.27 국립해양문화재연구소로 명칭 변경(대통령령 제21407호) - 고위공무원단, 4과(기획운영과, 수중발굴과, 해양유물연구과, 전시홍보과)
2010년대
태안지역 거점 구축
2011.4 태안보존센터 완공(충남 태안) 2011~2015 태안 마도 3·4호선 수중발굴 2012~계속 진도 명량대첩로 수중발굴 2012.12 수중유산 발굴선 <누리안호> 취항 2016.3 책임운영기관 지정 2017.6 서해문화재과 신설 2019.11 태안해양유물전시관 개관
2020년대
재도약
2020 해양역사문화 복합공간 구축 기본계획 수립 유물과학팀 신설 전시교육과 부서 명칭 변경 2024.5.17. 국립해양유산연구소로 명칭 변경(국가유산법 시행)