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난파선 연구는 그 배가 항해하던 당시 선박기술과 해양문화를 밝히기 위한 중요한 과정입니다. 난파선은 주로 대부분의 구조가 유실된 상태로 발견되고 수중유적 현장에서 해체하여 인양되기 때문에 그 원형을 찾기 위하여 다양한 연구가 수행됩니다. 난파선의 기본 구조를 확인하기 위하여 수중에서 스케치와 실측이 이뤄지며, 해체 인양 후 각각의 선체를 세밀하게 실측하여 기본 연구자료를 확보합니다. 난파선의 정밀한 구조와 기술적 특징, 난파 이전의 원형을 밝히기 위하여 해체된 선체를 복원하는 데 필요한 연구 자료를 확보하기 위하여 고문헌과 회화자료, 난파선 간 비교분석을 실시합니다. 또 2D와 3D 설계를 통한 조선공학 분석과 모델링 작업은 난파선 복원을 위한 사전단계로서 필수적입니다.

난파선의 복원은 보존처리가 완료된 이후 시작합니다. 선체의 이동과 조립․복원에 이르는 모든 과정이 전시공간에서 이뤄지며 관람객에게 공개됩니다. 경우에 따라 난파선은 모형과 실물크기로 제작하고 전시와 선박사 연구, 해양문화유산 교육프로그램으로 활용하고 있습니다. 난파선은 복원이 완료된 후 비로소 해양문화유산으로 생명력을 갖게 됩니다.